Oberstes Organ der Freien Evangelischen Gemeinden Schweiz ist die Delegiertenkonferenz (DK). Sie setzt sich aus Delegierte aller 82 Bundesgemeinden zusammen (Stand 01.01.2016). Die DK tritt jährlich mindestens einmal zusammen. Aufgaben der DK sind Wahlen der Leitung FEG Schweiz, Aufnahme von neuen Bundesgemeinden, Änderung der Grundlagen, Statuten und Reglemente, Genehmigung des Budgets, Jahresrechnung und Jahresberichte und Beschlüsse über Anträge der Leitung und der Gemeinden.