Oberstes Organ der Freien Evangelischen Gemeinden Schweiz ist die Delegiertenkonferenz (DK). Sie setzt sich aus den Delegierten aller Bundesgemeinden zusammen. Delegierte aus den FEGs im Befreundetenstatus sind ebenfalls zur DK eingeladen, allerdings ohne Stimmrecht.

Die DK tritt jährlich mindestens einmal zusammen. Im Normalfall wird sie zwei Mal pro Jahr durchgeführt, und zwar im Frühling sowie im Herbst.

Aufgaben der DK sind: Wahlen der Leitung FEG Schweiz, Aufnahme von neuen Bundesgemeinden, Änderung der Grundlagen, Statuten und Reglemente, Genehmigung des Budgets, Jahresrechnung und Jahresberichte und Beschlüsse über Anträge der Leitung FEG Schweiz und der Gemeinden.